Większość terenu gminy leży w granicach 2 Obszarów Chronionego Krajobrazu: Obszar Chronionego Krajobrazu „Okolice Jezior Krępsko i Szczytno” oraz Obszar Chronionego Krajobrazu „Fragment Borów Tucholskich”.
Czynnikiem kształtującym krajobraz gminy jest rzeźba terenu. Część północna i zachodnia gminy położona jest w obrębie sandrowej Równiny Charzykowskiej, stanowi obszar płaski, lekko pochylony ku południowemu wschodowi, położony generalnie na wysokości od 140 do 157 m n.p.m.. Część centralna i południowa leży na Pojezierzu Krajeńskim. Według kryteriów podziału przyrodniczo – leśnego prawie cały obszar gminy należy do dzielnicy Borów Tucholskich.
Teren gminy na linii północ – południe rozcina dolina rzeki Brdy. Charakterystyczne dla tej rzeki zakola i starorzecza przewijają się pomiędzy falistą wysoczyzną morenową okolic Przechlewa i Sąpolna, a płaską wysoczyzną na południu. Rzeka Brda wcina się w wielu miejscach w równinę na głębokość 30 metrów, w południowo zachodniej części Gminy Przechlewa łączy się z rozległą rynną jezior Szczytno – Krępsko i krzyżującą się z nią mniejszą rynną jezior Szczytno Małe – Końskie. Od tego miejsca rzeka zmienia swój kierunek na równoleżnikowy. W okolicach Sąpolna wody Brdy odpływają doliną na wschód do Jeziora Charzykowskiego.
Górny odcinek Brdy, prawie w całości leżący na terenie Gminy Przechlewo, jest szczególnie urokliwy ze względu na kręty bieg rzeki, towarzyszące mu rozległe lasy dawnej Puszczy Człuchowskiej i malownicze Jeziora Szczytno, Szczytno Małe i Końskie, co doceniają coraz większe rzesze turystów, a szczególnie kajakarzy.
Głównymi dopływami Brdy są rzeki Lipczynka, Modra i Ruda. W sumie długość cieków wodnych, wyłączając rowy melioracyjne, wynosi 79,9 km.